体制未理顺，缺乏市场竞争力
因我国期刊业基本脱胎于计划经济体制，基本上无纯粹的期刊出版者，有的只是期刊主办者。每一期刊的背后都无一例外地有一个主办单位，由此决定每个期刊有自己一定的级别。期刊出版单位直接与其相关的机关、部门、企事业挂钩，或者是其二级单位。在这种情况下，期刊社的企业人格和社会化程度无法全部实现，其管理程度无法深入，必然会削弱学术期刊参与市场的竞争能力。 办刊经费紧张，学术期刊发展困难
办刊经费拮据、短缺已成为当前制约学术期刊发展的重要因素。一方面，社会科研能力的不断增强，科研队伍的扩充，使学术研究人员大大增加。这些人要出成果、评职称，就迫切要求发表这些成果的学术期刊增加版面、缩短出版周期，以满足社会需要。另一方面，办刊成本（劳动力成本、印刷费、纸张)等支出逐年增加，物价上涨因素加大了成本需求，使期刊的出版成本呈上升趋势，这也造成了学术期刊办刊经费紧张。上世纪八、九十年代，学术期刊一直由财政拨款，花多少，拨多少，实报实销；而近几年来，由于主办单位不再下拨经费，或下拨减少，或实行包干等办法，使原本那些习惯于坐、等、靠获取经费的期刊面临断奶，加之发行量小，广告收入减少，稿酬低，高质量的学术文章便难以组约。久而久之，形成了恶性循环，使学术期刊的发展举步维艰。 学术期刊形象呆板内容平庸，办刊质量不高，学术地位尴尬
学术期刊专业性强，读者面窄，发行量小，据国家新闻出版署期刊司统计：期刊年均发行量500册以下者217种(其中地方期刊111种)，占期刊总数的2.7%；期刊年均发行量1000～10000册者5722种(其中地方期刊2715种)，占期刊总数的64.7%；期刊年均发行量达10万册以上者509种(其中地方期刊305种)，占期刊总数的6.4%；甚至有办了40年的期刊，订户刚好为40册。我国科技期刊的订户不多、发行量小的一个重要因素就是只强调专业性和学术性，疏忽了学科的交叉性和可读性。我国目前科技期刊的征稿启事从未像《Science》杂志那样要求用通俗语言去阐释科学现象，更没有提出论文的表述要照顾到不同读者的要求；也没有象《BMJ》、《JAMA》富有文学韵味的栏目设置。《Science》杂志在全世界有70万读者，《BMJ》、《JAMA》在世界上有十几万读者，许多非专业人员也成为其长期订户。
有人将我国学术期刊的现状归纳为“六多六少”：数量多，有影响、有代表性的少；同类刊物多，有分量的文章少；发行量小的期刊多，发行量大的少；经营亏损的多，赢利的少；国家财政拨款、补贴的多，自身有造血功能的少；一般编辑人员多，编辑出版专业人才少。就拿我国众多的综合性医学期刊来说，赢利者亦仅占20%。另外，学术期刊栏目呆板，内容平庸单一，编排沉闷，缺乏创新，缺乏有分量、有影响的高尖专业文章，也影响了刊物的学术地位。本应是传载科学信息、推进知识进步、传播科学技术、促进学术交流的学术期刊，潜移默化地沦为仅为晋升、晋级服务的工具。其尴尬的学术地位可见一斑。